어느 날, 쿠키런 킹덤에 퍼진 의심 바이러스에서 친구들을 구해 내기 위한, 쿠키들의 스펙타클한 모험 이야기! 어느 날, 쿠키런 킹덤에 우연히 퍼진 의심 바이러스! 쿠키들은 바이러스에 감염되어 서로를 의심하고 다투기 시작한다. 바이러스에 감염되지 않은 쿠키들은 쿠키런 킹덤을 구하기 위해 원정대를 결성하고 순례자의 길을 향해 떠나는데…! 과연 쿠키들은 순례자의 길에서 치료제를 찾아 쿠키런 킹덤을 구해낼 수 있을까? 줄거리 한가롭게 여유를 즐기고 있던 칠리맛 쿠키 앞에 갑자기 불쑥 나타난 현자맛 쿠키. 갑자기 나타난 현자맛 쿠키는 웬 상자를 내밀며 절대로 이 상자를 열어서는 안 된다고 신신당부하고 사라진다. 하지만 유혹을 못 이긴 칠리맛 쿠키가 상자를 연 순간 회색 별사탕들이 수없이 쏟아져 나오며 쿠키런 킹덤에 의심 바이러스를 퍼트린다. 의심 바이러스들은 사이 좋던 쿠키런 킹덤의 쿠키들을 전염시키고, 감염된 쿠키들은 서로를 의심하고 다투기 시작한다. 의심 바이러스에 감염되지 않은 세 쿠키, 슈크림맛 쿠키, 용사맛 쿠키, 페스츄리맛 쿠키는 쿠키런 킹덤에서 가장 성스러운 곳인 신뢰의 나무 아래에 모여서 현자맛 쿠키의 퀴즈를 풀고, 치료제를 찾으러 순례자의 길을 향해 떠난다. 신뢰의 나무 속 빛나는 하얀 입구로 들어간 쿠키들 눈앞에는 보기만 해도 아찔한 절벽이 펼쳐져 있다. 아슬아슬하게 절벽을 따라 걷던 중, 수상한 구름이 아래에서부터 스멀스멀 올라와 순식간에 절벽 전체를 뒤덮어 버린다. 구름 속에서 수상한 목소리들이 바로 옆 동료들에 대한 험담을 늘어놓으며 쿠키들의 마음을 혼란스럽게 하는데……!