조금씩 드러나는 검은마녀 쿠키의 음모에서 쿠키런 킹덤을 구해 내기 위한 쿠키들의 스펙타클한 모험 이야기! 미스터리한 사건들이 계속되는 쿠키런 킹덤! 그러던 어느 날, 퓨어바닐라 쿠키가 보낸 다급한 구조 요청이 쿠키들에게 도착한다. 어둠마녀 쿠키의 손아귀에서 바닐라 왕국을 구하기 위해 마법의 태피스트리를 타고 거대한 설탕 유적지로 날아간 쿠키 원정대! 과연 쿠키들은 그들의 앞길을 가로막는 퀴즈를 풀고 위험에 처한 바닐라 왕국을 되살려 낼 수 있을까? 줄거리 평화롭기만 했던 쿠키런 킹덤에 미스터리한 사건들이 계속되자 용감한 쿠키는 의문을 품는다. 이 모든 것의 배후에 혹시 검은마녀 쿠키가 있는 것은 아닐까? 한편 바닐라만 비둘기가 가져온 쪽지를 열어 보자, 퓨어바닐라 쿠키가 다급하게 도움을 요청하는 영상이 펼쳐진다. 어둠마녀 쿠키가 바닐라 왕국을 위협하고 있으니, 누구든지 바닐라 왕국을 도와달라는 것! 함정이 아닐까 의심하기도 했지만, 만에 하나라도 누가 진짜 위험에 빠져 있다면 구하러 가는 게 쿠키다운 일이라며 용감한 쿠키는 또다시 원정을 떠나기로 결심한다. 마침 옆에 있었던 커스터드 3세맛 쿠키, 정글전사 쿠키도 함께 원정을 떠난다. 하늘을 나는 태피스트리를 타고 원정을 떠난 쿠키들! 그들 앞에 아주 오래되어 보이는 신전 하나가 나타나고, 그들은 일단 신전 안으로 들어가 보기로 한다. 신전 안을 이리저리 돌아다니던 중 갑자기 벽이 닫히며 의문의 목소리가 퀴즈를 제시하는데……!