세상에 나쁜 책이 있다니, 말이 돼? 내 학창 시절을 아름답게 만든 책을 모욕하다니, 가만있지 않을 거야! 자신이 책으로 만들어졌다고 할 정도로 책을 사랑하는 주인공 클라라. 그런데 고등학교 졸업반 첫 등교 날부터 이상한 일이 벌어진다. 학교도서관에 갔다가 놀라운 사실을 알게 된다. 학교에서 읽기는커녕 가지고 있어도 안 되는 금서 목록이 있고, 거기에 자신을 만든 책 제목이 잔뜩 있다는 것을. 자신의 정체성을 부정당해 몹시 기분 상한 클라라는 도서관 담당 선생님께 허락을 받아 학교도서관에서 금서를 가져다가 그 책을 찾는 아이들에게 빌려주기로 한다. 일종의 ‘비밀 도서관’을 운영하는 것이다. 그리고 빌려주는 책을 흰 책가위로 싸서 반납할 때 소감을 적어 달라고 하여, 책은 절대로 해로운 것이 아니라는 증거를 수집하기로 한다. 클라라는 학교도서실 봉사활동 외에 시의 ‘꼬맹이 도서관’ 운영도 돕고, 독서모임 ‘퀘소~’도 주도할 정도로 활력 넘치고 적극적이지만, 점점 늘어가는 ‘비밀 도서관’ 대출 업무로 인해 몸이 둘이어도 모자랄 만큼 고단해진다. 그리고 고단한 만큼 정신적으로 소진되어 ‘비밀 도서관’ 운영이 잘하는 일인지 고민하기 시작한다. 보호라는 이유로 학칙을 내세워 학생을 통제하는 학교와 그에 맞서 자유를 지키려는 학생이 비밀 도서관을 만들어 활동하는 이야기를 통해, 우리가 누리는 자유는 저절로 얻어지는 것이 아님을 깨닫게 된다. 또한 자기 신념에 따라 옳게 행동한다고 생각했지만, 다른 사람과 직접 대면하지 않고 선입견을 가지는 것이 얼마나 위험한지에 대해서도 생각해 보게 한다.