쓰토무가 한 권의 책과 만나면서 시작되는 조금은 이상하고 신비로운 이야기 쓰토무와 톰, 두 소년의 시선으로 일상 속에 숨어있는 신비로움을 그린 판타지 초등학생 쓰토무는 엄마와 함께 간 잡동사니 가게에서 빨간색 표지의 책 『톰과 3시의 요정 〈하〉』를 발견합니다. 재미있어 보이지만 사지 않고 돌아간 쓰토무는 자꾸만 읽고 싶어져 다음 날 동네 도서관에서 책을 찾습니다. 쓰토무는 사서 선생님에게 이런 제목의 책이 있는지 물어봅니다. 사서 선생님은 빨간 책과 똑같이 생겼지만 표지에 〈하〉라는 글자가 없는 파란 표지의 책을 찾아주었습니다. 도서관에도 한 권밖에 없는 낡고 귀한 그 책은 대출이 금지되어 있었습니다. 쓰토무는 낡고 오래된 구관에 있는 열람실에서 책을 읽기 시작합니다. 책 속의 주인공은 톰이라는 소년입니다. 톰은 친척 플로라 아주머니의 집에 일주일간 머물게 되는데, 거기에서 신비한 경험을 하게 됩니다. 매일 3시가 되면 어느새 사라지는 간식, 밤마다 꾸는 눈부시게 밝은 꿈, 그리고 시간마다 파란색 뻐꾸기가 튀어나오는 오두막집 모양의 뻐꾸기시계……. 도대체 무슨 일이 일어난 걸까요?