고니는 푸른 해적으로부터 첨벙첨벙 바닷가에 나와 달라는 편지를 받았다. 고니가 걱정된 베베와 토푸스는 고니와 함께 첨벙첨벙 바닷가로 향했지만 그곳에 나타난 푸른 해적 캡틴 분이 고니를 붙잡아 가 버린다. 너무나 순식간에 일어난 일에 베베와 토푸스는 푸른 해적을 막을 수 없었다. 두 친구는 푸른 해적에게 잡혀간 고니를 찾을 단서를 찾기 위해 해적들이 사는 해골섬으로 향한다. 그곳에서 만난 캡틴 본과 캡틴 빈은 캡틴 분이 이미 1년 전에 세상을 떠났다는 놀라운 이야기를 들려준다. 그러나 베베와 토푸스는 포기하지 않고, 캡틴 분을 찾기 위해 대왕바다거북을 만나러 간다. 대왕바다거북은 캡틴 분이 바닷속에 가라앉은 사라진 왕국 뼈뼈란티스에서 지내고 있을지도 모른다고 하한다. 베베와 토푸스는 대왕바다거북의 도움으로 뼈뼈란티스를 향해 출발한다. 그런데 바닷속 무시무시한 괴물 뼈뼈 킹크라켄이 나타나 대왕바다거북과 베베, 토푸스를 공격한다. 베베와 토푸스는 무사히 고니를 만날 수 있을까? 뼈뼈란티스에는 어떤 비밀이 숨겨져 있는 걸까?